生化妊娠与宫外孕鉴别有时较容易，有时较困难，甚至对于专科医生亦可难以判断，具体鉴别如下：
一、生化妊娠：阴道出血发生时间较早，若未通过血液、尿液检测，无法明确受精卵已经处于着床成功状态，部分女性可认为月经延迟2-3天、3-4天，与平时周期几乎相同，除非进行相应血液、尿液检测，否则会将生化妊娠误认为一次普通月经，生化妊娠对女性身体后续伤害与不良影响相对较小；
二、宫外孕：
1、超声可确诊：有时宫外孕在早期通过超声检查，可发现子宫外孕囊、胎芽、胎心存在，需进行紧急手术，否则一旦出现宫外孕破裂，则可导致失血性休克，此类宫外孕通常以腹痛为主要表现，可完全无阴道出血或仅少许出血。因为妊娠滋养细胞活性较好，所以破裂出血可能性较大，对生命的危害性明显加大，但阴道出血量可能较少甚至完全没有，出现阴道出血的宫外孕均较容易鉴别；
2、超声不可确诊：此类宫外孕不易鉴别，当胚胎生长发育状况、绒毛滋养细胞活性较差，最终可无法明确宫外妊娠，通过超声检查始终未发现妊娠组织着床，则需持续监测绒毛膜促性腺激素，直至完全转归至正常标准，否则需按照宫外孕处理，时刻警惕宫外孕破裂流产而引起腹腔内出血。
