如果出现病毒和细菌混合感染，主要是针对细菌来用药，选择抗菌药物来抗感染治疗。一般需要根据不同的感染部位、感染的细菌种类，来选择有针对性的抗菌药物。
对于病毒感染，一般不需要选择抗病毒药物，因为多数病毒没有特效药，而且也为自限性，即使不针对病毒用药，过几天也会被清除。除非是特殊的病毒感染，比如流感病毒，针对流感病毒有特效药，如果明确是流感病毒，可以选择针对流感病毒的药物，如奥司他韦等。这一类病毒可以选择抗病毒药物，即同时选用抗病毒和抗细菌药物。
对于没有特效药的病毒，需要完全通过自身的免疫力来清除。对于免疫功能低下、有基础病或者老年人，由于免疫力很低，病程就会延长，有些病人甚至病情会加重。
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