包皮龟头炎的外用药物选择是基于其致病病原微生物来进行，在包皮龟头炎的病原微生物当中，常见的包括白色念珠菌、支原体、衣原体、滴虫和各种细菌。对于不同的病原微生物采用不同的外用药物，比如对于细菌感染所引起来的包皮龟头炎，通常应用硼酸溶液或者雷夫诺尔溶液。对于滴虫性包皮龟头炎，一般应用乳酸溶液、醋酸溶液和高锰酸钾溶液。
对于霉菌性包皮龟头炎，一般采用的是碳酸氢钠溶液清洗局部，同时还可以应用咪唑类软膏来涂抹局部。对于包皮龟头炎的治疗，除了外用药物，还要根据其病原微生物的不同选择合适的口服抗生素。
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