亚急性感染性心内膜炎的治疗主要是要抗微生物治疗，在早期要连续送3-5次的血培养后，即开始治疗，要足量的用药，大剂量长疗程，这样有助于消灭赘生物内的致病菌，必要的时候还需要联合应用抗菌素，才有助于更好的控制住病情。如果应用了大量的长疗程的抗生素治疗，病情仍然没有得到控制，并且出现了心力衰竭的并发症或者是感染难以控制，这个时候也可以考虑进行手术治疗。一般紧急手术的适应症是主动脉瓣或者是二尖瓣伴有了急性重度反流、阻塞或者瓣周瘘导致难治性肺水肿、心源性休克。
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