糠秕孢子菌属于真菌，可以引起糠秕孢子菌毛囊炎，在临床用药方面需要抗真菌治疗，化验真菌镜检以培养，见到相应的菌丝或者孢子可以明确诊断。外用药膏可以涂抹萘替芬酮康唑软膏、卢立康唑软膏、硝酸咪康唑软膏、盐酸阿莫罗芬软膏或克霉唑软膏等等抗真菌的药膏。
还可以应用复方蛇脂软膏、冰黄肤乐软膏、丹皮酚软膏或青鹏软膏等中成药药膏，起到杀虫止痒的治疗效果。还可以联合口服伊曲康唑胶囊，加强抗真菌疗效。
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