生理性囊肿在临床上具备以下几个特点：第一、常常发生在月经的后半期，由于排卵之后黄体形成，在临床上形成了生理性的囊肿。第二、在临床上囊肿的直径往往小于5cm。第三、生理性囊肿在临床上不会引起任何症状。第四、囊肿往往在月经干净以后会明显缩小，甚至消失，在临床上就是生理性囊肿。如果是病理性囊肿，往往直径会大于5cm，并且在月经干净以后通过B超检查，囊肿不会缩小，也不会消失，这就是病理性囊肿。所以在临床上如果确定是生理性囊肿和病理性囊肿，通过上述几条逐一核对就基本可以确定。
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