肝脏恶性肿瘤的核磁共振最主要的表现，是可以在磁共振上面看见肝内有长T1、长T2信号的病灶，这种病灶既可以单发，也可以多发。不管是原发性肝恶性肿瘤，还是继发性肝恶性肿瘤，都会在动脉期出现明显的强化，静脉期或延迟期造影剂廓清。
部分患者还能够看到肿瘤周边有假包膜的表现，这种情况在继发性恶性肿瘤中更常见一些。在DWI序列可以看到高信号的病灶，这一系列的表现在特定的造影剂，比如普美显造影剂的磁共振上，往往表现得会更明显。
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