肛门疱疹具有传染性，发病后应立刻进行抗病毒治疗。注意肛门及其周围局部组织的卫生清理情况，可以用生理盐水或者高锰酸钾洗剂进行肛门周围的清洗，涂抹红霉素软膏治疗，在发病部位涂抹阿昔洛韦、醋酸地塞米松膏，配合口服抗生素药物治疗。如果肛门疱疹合并有局部组织细菌感染，口服广谱抗感染药物治疗，包括罗红霉素分散片、阿莫西林胶囊，可以很好的起到抗病毒的效果。药物治疗的同时，应注意改善饮食习惯，避免抽烟、饮酒，避免吃辛辣、刺激性食物。
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