手足口病的主要传染源是患者和隐性感染者，隐性感染者是感染病毒之后没有临床发病，没有任何临床症状和体征，但是粪便和呼吸道分泌物可以排出病毒，具有传染性，所以也是非常重要的传染源，而且因为没有症状很容易被忽略。
手足口病的患者发病之后一周内传染性是最强的，主要通过粪-口途径传播，也可以通过呼吸道飞沫来传播。此外，手足口病的患者疱疹液里面含有很多病毒，疱疹液可以污染儿童的玩具、衣物、床单、被罩等，而接触的人手如果被这些衣物所沾染的病毒污染之后，不注意洗手也容易通过手的接触而传播。因为患者排出的粪便中因为含有病毒，也可以通过苍蝇、蟑螂等来传播。
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