对于葡萄球菌有抗菌作用的抗生素是非常多的，包括青霉素类的阿莫西林以及头孢菌素类的抗生素，还有喹诺酮类的左氧氟沙星对葡萄球菌抗菌作用非常好。另外，大环内酯类的红霉素或者其他链霉素等药物，对于葡萄球菌也有比较好的抗菌作用。但目前临床上会出现有一定耐药性的葡萄球菌，例如耐甲氧西林金黄色葡萄球菌，能够产生多种毒素，还有一些酶对普通抗生素耐药性比较强，并且致病力也非常强。对于一些大环内酯类或者喹诺酮类的抗生素，会有不同程度的耐药，需要使用万古霉素或者利奈唑胺等抗生素进行治疗。
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