肠镜目前主要有普通肠镜以及无痛肠镜，普通肠镜不需要麻醉，而无痛肠镜在做肠镜之前要用全身静脉麻醉药物、镇静药物，达到术中不知晓疼痛的目的。
肠道对于尖锐疼痛刺激如烧灼痛、切割痛不敏感。在肠镜检查过程中如果切除息肉或剥离黏膜，可无疼痛感。肠道对于膨胀和牵拉刺激比较敏感，做肠镜过程中，会将肠道套在镜子上，可有牵拉引起的疼痛。另外做肠镜过程中不断往肠腔中注气，会有腹胀、腹痛的症状。做完肠镜检查以后，可能1-2天或一周之内都会有肠道不适症状，待肠道功能恢复正常后症状可逐渐消失。
