藿香正气丸可以与头孢类的抗生素联合应用，藿香正气类的制剂不能与抗生素联合应用，是因为藿香正气液中含有乙醇，可以与头孢类、硝基咪唑类抗生素的硫代甲基四唑活性基结合，而产生反应，表现为恶心、呕吐、心悸，甚至导致死亡的双硫仑样反应。但藿香正气丸中并没有乙醇，因此与头孢类的抗生素联合应用，不会发生双硫仑样反应，所以可以放心应用。除了上述抗生素，还有磺脲类的降糖药，如胰岛素、华法林、酮康唑等，也有与头孢相似的化学结构，所以也不能与含有乙醇的食物或者药物联合应用。
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