目前还没有一种药物，能够通过口服达到预防手足口病发作的目的。有时候在临床上，会建议患者口服清热解毒的中成药，比如板蓝根颗粒，或者其他清热解毒类别的中成药，进行手足口病的预防。但一般还没有临床试验，能够证明确实能够达到相应的效果，但在临床上是完全可以用这种方法的。因为在手足口病发作期，也完全可以口服这些清热解毒的中成药，在手足口病发作之前，也完全可以做这样的尝试。目前能够确定有预防手足口病效果的，是注射手足口病疫苗，但目前还没有开发出针对所有导致手足口病病原体的疫苗。只有其中的一种病毒，已经开发出了相应的疫苗，就是肠道病毒71型，这个病毒有可能导致重症手足口病，所以注射这个疫苗仅仅是预防重症手足口病的出现，对于肠道病毒71型之外的病毒，并没有任何的预防作用。
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