硒酵母胶囊可以用来治疗桥本氏甲状腺炎，但是不能治疗其它甲状腺的炎症，因为桥本氏甲状腺炎主要特点是患者血液中抗甲状腺球蛋白抗体，或者抗甲状腺过氧化物酶抗体明显的升高，这两个抗体水平持续升高会对甲状腺细胞造成损伤，导致甲状腺的功能减退。目前国内很多研究发现的硒酵母胶囊，可以明显降低这两种抗体的水平，从而可以达到修复甲状腺细胞的功能。但是在临床中有很多医生也提出来吃硒酵母胶囊以后，对抗体水平下降的作用并不是很明显。所以，对于桥本氏甲状腺炎合并抗体高的患者可以吃硒酵母胶囊，但疗效不是百分之百肯定的。
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