牙根周炎可以吃抗厌氧菌的抗生素，例如甲硝唑、奥硝唑或者替硝唑。如果感染比较严重出现了明显的瘘管及溢脓，还需要再加服广谱的抗生素，例如阿莫西林以及头孢呋辛酯等。但是吃药只是解决初期的感染症状，不能控制根本的病因，还需要对病源牙进行根管治疗，即所谓的杀神经治疗。将根管内感染的牙髓去除干净以后进行消毒封药，彻底的控制感染，将根尖的感染通道堵塞，进行根管充填，使根周的牙槽骨慢慢得到恢复，彻底的治疗根尖周炎。
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