巧克力囊肿会影响怀孕。因为巧克力囊肿本身，是具有活性的子宫内膜细胞异位在卵巢，随着月经周期出现，每个月都有出血的现象，时间久了就形成一个囊肿。
子宫内膜异位症病人在临床上，大约有40%左右的病人会造成不孕不育，所以巧克力囊肿病人建议及时手术治疗，手术之后尽快计划怀孕。因为巧克力囊肿往往具有复发性，一旦复发又会影响怀孕，所以术后就准备怀孕。另外，巧克力囊肿病人如果没有计划怀孕，一定要定期复查，主要是了解是否有复发。
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