口腔溃疡的病因很多，口腔溃疡的发生是多种因素综合作用的结果。包括局部创伤、精神紧张、食物、药物、营养不良、激素水平改变以及维生素或者是微量元素缺乏，都可以引起口腔溃疡。系统性疾病、遗传、免疫及微生物在口腔溃疡的发生发展中也起到至关重要的作用。如缺乏微量元素锌、铁、叶酸、维生素B12以及营养不良等，可降低机体的免疫功能，增加口腔溃疡发病的可能性。血链球菌以及幽门螺旋菌等细菌，也与口腔溃疡有着密切的关系。口腔溃疡通常预示着机体有潜在的系统性疾病，口腔溃疡与胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、局部性肠炎、肝炎、女性经期、维生素B族吸收障碍症、神经功能紊乱等都有关系。
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