低分子肝素钙的副作用主要表现在：出血、血小板减少、过敏反应以及其他副作用。出血是低分子肝素钙临床最常见的副作用，主要表现为皮下出血、淤血甚至皮下血肿。血小板减少症偶有发生，低分子肝素钙在治疗期间应定期监测血小板计数。过敏反应临床上比较少见，而且症状相对轻，偶见哮喘、鼻炎、发热等过敏现象，有一些患者可引起荨麻疹，一般在停药后或者应用抗过敏药物治疗后症状可以改善。其他副作用是可导致选择性醛固酮减少症，抑制肾上腺醛固酮的合成等等。另外低分子肝素钙不能用于肌肉注射。
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