口腔疱疹是由单纯疱疹病毒引起的口腔内疱疹样的改变，可能会出现破溃，形成溃疡，一般不会在手脚皮肤出现损害。而手足口病是柯萨奇病毒A16引起的一种疱疹性改变，还会有手掌、足底的水疱，口腔内也会有小水疱，也会破溃形成溃疡，但是与单纯的口腔疱疹有明显的鉴别诊断。所以两者并不是同一种疾病，它们感染的病毒不是同一个类型。因此如果有手足及口腔内的水疱改变，考虑手足口病，而如果没有手掌、足底的水疱改变，只是口腔内的水疱，一般都是疱疹病毒感染的口腔疱疹。
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