由于甲状腺自身抗体不同，因此治疗的方法和效果也不一样。促甲状腺激素受体抗体，是引起弥漫性甲状腺伴甲亢的最重要的病理、生理环节。由于免疫系统不认识自己的促甲状腺激素受体，产生促甲状腺激素受体抗体，装成促甲状腺激素，促进甲状腺增生、肥大，产生大量的甲状腺激素。一般使用抗甲状腺的药物，或应用甲状腺手术，甚至选择碘-131治疗甲亢，但是促甲状腺激素受体、抗体往往降低的困难比较大。
如果采用药物治疗，疗程需要一年半至两年左右，而且疗程快结束的时候，需要结合促甲状腺激素受体、抗体的降低是否正常，帮助减药或停药。另外，甲状腺球蛋白抗体，或者是微粒体抗体，是自身免疫性甲状腺炎的自身抗体，通常不需要特别的药物来降低抗体。因为既没有明确的药物明确有效，降低这两种抗体也没有带来临床的获益。
