牙齿本身是硬组织，不形成囊肿，能够形成囊肿的常常是根尖囊肿。根尖囊肿是根尖疾病的一种，它的形成主要是最先有根尖周围的病灶，也就是根尖周围有炎性肉芽组织。这些炎性肉芽组织会不断的破坏根尖周围的骨组织，使根尖周围形成一个圆形或者是卵圆形的一个骨质缺损。在肉芽组织不断地扩大的过程当中，会有上皮组织长到肉芽组织的最外侧，然后就形成了囊壁，这些囊壁会分泌囊液，储存在这个囊壁当中，慢慢的肉芽肿就会变成了囊肿。除了根尖囊肿，还有含牙囊肿，是一种牙源性的囊肿。主要是在牙齿萌出的过程当中，牙齿表面的缩余釉上皮和牙冠之间有液体积聚，就形成了囊肿。这样的囊肿会压迫着牙齿，使其不能萌出，所以在口腔当中看不到这个牙，而根尖囊肿，可以看到牙齿。
