甲钴胺是应用比较广泛，也比较安全的一种神经营养药物。它的不良反应发生率不到1%，是很低的，最常见的就是胃肠道反应，比如恶心、呕吐、食欲不振、腹泻等，极少数的病人会出现皮疹等过敏反应，这种发生率也是非常低，不到1‰，这种过敏反应也有可能是甲钴胺制作过程中所添加的辅料引起的，其实临床上很多药物的过敏反应都和添加剂有关系。
虽然甲钴胺有以上的副作用，但是患者只要严格按照医生的指导用药，同时按照剂量服用，不要超量服用，就可以把药物的危害降到最低的水平。如果出现副作用，要及时停药，很多时候药物停掉以后副作用很快就会好转。还有症状消失以后应该见好就收，不要长期服用。总之，甲钴胺的治疗作用要远远大于副作用。
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