手足口病病毒对紫外线和化学消毒剂很敏感，引起手足口病的病原体属于小RNA病毒科，肠道病毒属具体包括柯萨奇病毒、埃可病毒以及肠道病毒等。
肠道病毒对理化因素的抵抗力较强，室温下在衣物、毛巾、被褥和玩具上可存活数日，在污水和粪便中可存活数月，在pH值3-9的环境中稳定，在胃肠道能耐受胃酸、蛋白酶和胆汁的作用。
手足口病病毒对热、去污剂均有一定抗性，但加热50℃可迅速破坏病毒，各种氧化剂，如高锰酸钾、双氧水、漂白粉等可用于消毒。
手足口病的传染源包括患者和隐性感染者，病毒主要存在于血液、鼻炎分泌物及粪便中，其中粪便中病毒的排毒时间为4-8周，以发病后一周内传染性最强。
手足口病主要经粪-口途径传播，然后是经呼吸道飞沫传播和密切接触传播，所以对于手足口病患者一定要注意做好隔离，并对患者的用具及时进行消毒，同时注意消灭苍蝇、蟑螂等害虫。
