全飞秒激光和准分子激光的主要区别是在进行角膜激光近视治疗当中，是全部使用一种飞秒激光，还是使用准分子激光？做全飞秒是无瓣手术，这是它最大的好处，角膜最表面没有伤口或者伤口很小，如果患者术前有比较严重的干眼或者是在手术以后，需要承受特殊的生活或者工作影响，比如拳击运动员会有打到眼睛的风险，做全飞秒激光就是最好的选择。
全飞秒激光的缺点，比如对于角膜相对比较薄、度数相对比较高，手术的安全性会受到一定的影响。准分子激光的优点是对于角膜厚度的要求不是很高，这一点和全飞秒激光是正好互补的，但是准分子激光由于会在角膜最表面形成伤口，因此术后早期会有比较明显的疼痛感。
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