新生儿出血症发病的主要原因是维生素K缺乏。任何原因导致的维生素K缺乏都可以引发新生儿发生出血。由于维生素K经过胎盘的通透性比较差，孕母维生素K很少能够进入胎儿体内，所以新生儿出生时血中维生素K的水平普遍很低，肝脏中维生素K的储存量也不足，所以早产或者是低体重儿出生以后血中维生素K的水平更低。肝脏如果有相关的疾病，如肝胆的疾患、先天性的胆道闭锁，因胆汁分泌减少可以影响维生素K的吸收，肠道的炎症或者是口服抗生素也可以抑制肠道正常的菌群，导致维生素K合成不足。如果是纯母乳喂养的新生儿，维生素K的水平也很低，所以以上原因可能都会导致维生素K缺乏，从而引起新生儿出血。
