子宫内膜异位症的病因至今尚未阐明，目前有主要的几大学说和发病因素有关。
其中有异位种植学说，这是由1921年Sampson首先提出的在月经期子宫内膜腺上皮和间质细胞随月经血逆流。经输卵管进入盆腔种植于卵巢和邻近的盆腔、腹膜，并在该处生长、蔓延形成盆腔内的异位，称为经血逆流学说，多数临床和实验资料都支持这一学说，70%-90%的女性有经血逆流。还有体腔上皮化生学说、诱导学说、遗传因素，盆腔及炎症的因素，以及其它的在位内膜决定论。
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