无痛胃镜的丙泊酚会引起呼吸暂停、心动过缓、恶心、呕吐、头痛等副作用。在进行无痛胃镜检查时需要对患者进行静脉麻醉，在睡眠的过程中完成整个检查。在静脉麻醉时大多数患者是使用丙泊酚进行麻醉，这种药物起效比较快，并且麻醉效果比较好，对人体引起的副作用相对是比较少的。
一部分患者在进行静脉麻醉后会出现短暂的呼吸暂停，但是持续时间不是特别长。在进行静脉麻醉时部分人会因为药物的副作用而出现心动过缓。丙泊酚在恢复的期间也会出现副作用，主要的副作用是消化系统方面，常见的有恶心、呕吐、头痛、头晕，部分人会伴有身体发冷、寒战等表现。但是这些副作用都是可以逆转的，在药物代谢之后副作用就会逐渐消失，不会引起严重并发症。
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