扁桃体下方的部位，前方是舌头的延续，称为舌根。后方是咽后壁、两侧是咽侧壁，再往下是喉，包括会厌、齿带、声带、声门下腔。往下是气管，喉后面两侧称为下咽，喉正后方是下咽咽喉壁，两边是梨状窝，下咽向下是食道，因此扁桃体与舌根、喉、下咽、气管、食管紧密联系。
扁桃体发炎或扁桃体长肿瘤，可能会向下延伸，如扁桃体炎容易引起舌根炎症，合并急性慢性咽炎、急慢性喉炎。如果扁桃体出现肿瘤，即扁桃体癌，则容易向上延伸，从而侵犯软腭，再深入会侵犯咽旁间隙，包括颈内动脉，也可能会侵犯舌根、咽后壁、喉。
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