肺炎衣原体感染轻者可自愈，如果出现明显感染，需给予抗感染治疗。肺炎衣原体不是细菌也不是病毒，抗细菌、抗病毒药物均无效。
具体治疗药物如下：
1、大环内酯类：如红霉素、罗红霉素、阿奇霉素类有效，但耐药率相对较高；
2、喹诺酮类：如环丙沙星、左氧氟沙星、莫西沙星等目前使用较多，但对儿童使用有限制，一般要求16岁或18岁以上才能服用。
3、四环素类：现在相对较少使用，四环素已经淘汰，目前在用的包括多西环素和米诺环素，而替加环素作用较强，一般不会使用。
