白色念珠菌是由于机体免疫功能低下时，继发或者原发感染而引起的。正常状态下，白色念珠菌可以寄生于人体的消化道、阴道、肛门、口咽以及皮肤，免疫功能正常一般不引起发病。
当免疫功能低下时，比如长期应用糖皮质激素、免疫制剂、广谱的抗菌药物，有严重的基础疾病、血液系统的疾病、恶性肿瘤、骨髓干细胞移植以及脏器的器官移植或者艾滋病毒的感染，导致机体的免疫功能低下，这时白色念珠菌可以趁虚而入，引起浅层的白色念珠菌感染，也可以引起侵袭性的、深部的脏器念珠菌的感染，临床表现可以有发热以及局部的相应症状。
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