蛛网膜囊肿是由蛛网膜包绕脑脊液形成的囊性病变，实际上是蛛网膜在异常病变情况下，导致脑脊液循环不通畅，局部形成的囊肿。在发生机理上大概分为先天性和后天性两个原因。内镜手术大多数采取囊壁与脑池的造瘘术，将囊壁撕开口后与正常的脑脊液循环沟通，让囊液流到正常脑脊液里形成循环。
但手术撕开瘘口的部位，在将来如果遇到外伤、感染、肿瘤、出血等继发性蛛网膜囊肿形成的原因时，还会发生粘连，可能导致造瘘口闭合。而当其完全闭合的时候，蛛网膜囊肿又会复发，又会产生新的囊肿，有些囊肿的体积甚至比之前的囊肿更大。
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