有一部分在临床上的肺结核是不好确诊的。比如支气管内膜结核，一种特殊的肺结核，由于病灶处在支气管内膜上，尤其是初期感染，通过拍双肺的CT，甚至核磁共振无法看到病灶，患者的症状不够明显，只是轻度的咳嗽、咳痰。还有一种是血行播散型肺结核，也是在早期病灶，主要是通过血行播散，但是通过双肺X光片和CT，初期无法看到明显的肺部的阴影病灶。在临床上可以通过支气管纤维内镜，取支气管的内膜活组织做病理检查，甚至做结核分枝杆菌的培养来明确。对于血行播散性肺结核可以做PPD试验，多次动态观察双肺的CT来明确。
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