慢性肠炎的治疗药物根据治疗的效果不同，可以分为以下几个类别：
1、止痛类的药物，由于慢性肠炎导致的疼痛大多数是由于痉挛引起，所以使用解痉挛的药物去进行止痛治疗，肌肉注射阿托品或者口服654-2。
2、属于益生菌类的药物，在结肠炎患者中会经常出现腹泻或者便秘反复发作，可以使用益生菌之类的药物去调节肠道菌群失调，或者修复肠道生物屏障，调节肠道免疫功能，抑制肠道致病菌的生长，恢复肠道正常的生理功能，同时也能够有效减轻腹痛、腹胀这些慢性肠炎的症状。
3、消炎和止痛类的药物，比如如果合并有细菌感染，可以使用抗生素类的药物，或者可以选择输液、输血、吸氧等对症治疗。
4、还有一类患者由于肠炎长时间的反复发作，会引起精神类症状，比如失眠，可以用安定来调整失眠的状态。
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