骶骨脊索瘤最佳的治疗方法，建议广泛切除辅以术后放射治疗。对于骶部脊索瘤手术方式的选择，主要取决于肿瘤的浸润范围，肿瘤可能浸润至臀部肌肉，手术必要时也需要切除受累肌肉。如果需要切除直肠或者期望行骶骨切除术，可能需要进行结肠造瘘手术。完全切除可以获得最佳治疗效果，有时候与大剂量放疗联合使用，并不能阻止肿瘤复发，但是可以延缓复发，所以，建议手术之后联合放射治疗。由于脊索瘤平均生存期大约是6.3年，而且容易复发，手术之后的患者一定强调定期进行影像学随访。
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