胚胎停止发育在临床上最常见的原因就是胚胎基因缺失所导致的。另外的原因就是由于孕妇患有某种严重的内科疾病，比如凝血功能障碍、严重的肝肾功能异常都会导致胚胎停止发育。突然的噪音刺激或者突然的惊吓，都可能会导致胚胎停止发育。频繁的性生活造成子宫频繁收缩使胎儿宫内乏氧，使胚胎停止发育。如果子宫发育畸形，在临床上也会导致胚胎停止发育，因为畸形的子宫不可能随着胎儿的增大而出现相应增大，所以，就会出现停止发育的情况。另外，一些是免疫因素也会引起胚胎停止发育。
