手足口病的疫苗一般能维持有效的预防能力在两年左右，当然有效期根据每个人的身体状况不同，体内产生抗体的多少，它的时间也会有一定的差异。轻症的一般能维持两年，如果孩子产生的抗体的很多，有的甚至3-5年之内手足口病的疫苗都是有效的。
一般情况下，手足口病的疫苗只是针对肠道病毒EV71，这一种病毒感染所致的手足口病。手足口病常见的是两种病毒，除了EV71，还有柯萨奇病毒，所以手足口病的疫苗只能预防EV71病毒感染的手足口病，并不能预防柯萨奇病毒感染的手足口病。所以，也有可能打疫苗这两年之内，孩子还会得由柯萨奇病毒感染的手足口病。
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