致病微生物的不同，用药也是不同的，常见的致病微生物包括病毒、细菌、非典型致病菌。病毒感染者可以使用抗病毒、清热解毒的药物，例如奥司他韦、阿比多尔、莲花清瘟胶囊、清开灵、蒲地蓝等等。
细菌感染者可以使用抗生素进行治疗，例如头孢克肟、头孢呋辛、头孢克洛、阿莫西林、青霉素v钾片、红霉素、罗红霉素、阿奇霉素、左氧氟沙星、莫西沙星等等。非典型致病菌感染者可以使用大环内酯类的阿奇霉素、罗红霉素、红霉素，或者是喹诺酮类的左氧氟沙星、莫西沙星等等。
