机会性感染是指一些病原体平时生活在健康的皮肤表面，或者没有受损的呼吸道、消化道黏膜的表面，在免疫力正常的情况下这些病原体不会致病，称为正常菌群。如果人体的免疫力下降，比如感染艾滋病的时候，由于艾滋病病毒对人体免疫力的破坏，导致免疫缺陷，就容易感染正常情况下不容易感染的病原体，比较常见的肺孢子菌肺炎就是在这种情况下发生的。还有一种情况是使用免疫抑制剂，对人体的免疫系统造成抑制，局部免疫力下降，就容易发生正常情况下不容易发生的肠道感染，叫做肠道菌群紊乱。肠道菌群紊乱的时候过度生长的正常的肠道菌群会侵入血液，从而造成血源性感染。
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