宝宝发烧嘴角起疱的原因是感染了单纯疱疹病毒，也就是口腔疱疹。口腔疱疹感染的初期大多数都无症状，但在发病时可以在感染部位造成轻微的症状，会引起疼痛的水疱和溃疡，孩子在出水疱和溃疡之前，常常在口腔周围有刺痛、发痒或灼热感。
宝宝第一次发病往往会伴随发烧，第一次感染后可终身携带，因疱疹病毒是亲神经的病毒，能从神经元的轴突末梢钻入神经细胞，然后钻入神经元细胞体，最爱潜伏在头面部三叉神经的神经节，因免疫细胞在这里只能抑制病毒复制，不能彻底消灭它们。所以当宝宝免疫力低的时候，单纯疱疹病毒就会再次出现，导致宝宝再次出现水疱或溃疡。
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