做阴道镜取活检不会疼痛，因为宫颈局部是植物神经支配，没有痛觉，即使取活检也不会出现疼痛。活检后阴道会压入纱布止血，24小时后回医院取出纱布。如果做外阴的阴道镜检查，取活检就会出现疼痛，而且外阴局部的神经比较敏感，所以疼痛比较严重，绝大部分会给予麻药进行处理。如果做阴道黏膜的活检也会出现疼痛，也需要局部涂麻药，局部麻醉后再做阴道镜的活检，减轻局部疼痛的情况。
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