肛门隐隐作痛的原因有很多，有以下几种可能性：一、肛周脓肿或者肛周毛囊炎症，但疼痛大多比较剧烈，局部会有红、肿、热、痛的症状。二、肛瘘，肛瘘主要表现为反复流脓以及肿痛，如果脓液引流通畅，疼痛可能并不是很剧烈，但在肛门周围会有肉芽肿性外口。三、肛窦炎，肛窦炎表现为肛门内侧隐痛不适，有些还会伴有肛门坠胀不适。四、痔疮，痔疮有血栓形成或者血液循环障碍，伴有水肿时也会出现疼痛症状，会表现为肛门周围的肿物。五、肛门神经官能症，有些患者的肛门检查没异常，但也会表现肛门处隐痛，是由于肛门神经官能症所导致的。
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