肝囊腺瘤的治疗是通过外科手术将其切除，以获得根治性治疗的效果，肝囊腺瘤在临床上并不多见，部分囊腺瘤最初被误诊为肝囊肿，囊腺瘤和囊肿的区别有时在影像学上并不典型，包括腹部CT、核磁，不一定都确诊。囊腺瘤有时在手术中，通过外科手术观察，发现囊肿壁稍厚、囊内液体为黏液性，其通过手术中快速病理才能够确诊。
较大的肝囊肿、囊肿短期内快速增长，影像学提示囊壁伤后囊内有分隔，囊内液体密度较高时，患者需要警惕可能有肝囊腺瘤。肝囊腺瘤若只是通过外科手术进行开窗，术后囊壁仍可以分泌大量液体，而引起疾病迁延不愈，或存留腹腔内积液。肝囊腺瘤存在一定的癌变风险，因此确诊肝囊腺瘤，建议通过外科手术将其完整切除，以避免发生癌变。
