肛瘘最有效的治疗手段是选择手术。通常需要在麻醉支持下将瘘管切开、切除，对于高位复杂性肛瘘，还需要进行挂线疗法或者分次的手术。常见的后遗症有手术以后出现切口瘢痕组织增生，病人会表现为局部的瘙痒以及疼痛。其次肛周的疾病也容易并发术后的感染，最严重的并发症是肛瘘手术以后出现复发，病人会表现为有分泌物、有脓血性的分泌物以及不规则的发热，必要时还需要再次手术治疗。肛瘘的手术也容易导致肛周括约肌的损伤，并且在术后会诱发排便功能的异常，所以在手术当中应该注意仔细操作，分辨肛门外括约肌。术后也要积极抗感染治疗。
