飞秒手术的过程，首先，表面麻醉之后在患者的眼睛里面做角膜透镜，透镜使用全飞秒激光在角膜基质的相应部位，部位是事先设定好的，做上下两层的切削，这些都不需要用到角膜的板层机械刀，都是机器来完成的，都是由激光做的，做好之后就形成了角膜透镜。其次，会在角膜边缘上切非常小的切口，大约只有2-3mm，使用特殊的设备和仪器把制作好的角膜透镜从切口里取出来，取出以后不需要去缝合切口，因为切口特别小，可以自愈，这样手术就完成了。
相对来说，整个全飞秒激光手术没有用到角膜的板层刀，主要用激光的能量和正常的切削，医生所做的只是顺利的分离透镜的上下两层，把透镜完整的取出来，因此手术的安全性是非常好的，同时多数患者也能通过全飞秒激光先进的手术矫正视力。
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