肛瘘的手术根据部位的深浅而不同，肛瘘分低位的和高位，单纯和复杂肛瘘四类。如果是低位单纯瘘，手术完之后基本2周会愈合。但如果要是高位单纯，往往在处理过程中可能需要挂线，而且挂线时间牵涉到括约肌的数量，挂线的组织如果比较少，可能1周脱线；如果牵涉到组织多，可能时间就会比较长。所以对于高位的复杂性肛瘘，一般治愈的时间需要1个月以上，才能够完全愈合。
现在也有一些新的治疗技术，比如LIFT手术，把比较高位的复杂瘘变成比较短的简单瘘处理，这样恢复时间很短，但是复发率偏高。所以有时候在彻底性、肛门功能恢复、复发率方面，每一种方法可能不一定都能达到十全十美。有时复发率低的方式，治疗很彻底，可能恢复时间长，痛苦大，甚至对肛门功能造成的影响可能会严重。
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