胎停育的原因很多，包括胚胎的原因、母体、父亲的原因或者环境因素。胚胎或者胎儿染色体异常是早期流产最常见的原因，大概能占50%-60%左右，比如染色体的数目异常或者结构异常。母体的因素，比如有些子宫畸形，比如纵隔子宫、黏膜下子宫肌瘤、宫腔粘连会导致胎停育的发生。
一些内分泌的异常，比如黄体功能不全、多囊卵巢综合征、甲状腺功能减低，还有控制不好的糖尿病也会导致流产的发生。此外，全身性的疾病，比如严重的感染、血栓、凝血功能异常、免疫性疾病，也会增加流产的发生。免疫性异常，比如抗磷脂综合征、红斑狼疮的患者流产概率要明显要高于正常人群。父亲的因素，比如精子畸形率高有关系。环境因素，比较常见的像毒物、放射线、重金属，也会导致胚胎停止发育的产生。
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