疱疹性咽峡炎与手足口病的区别，主要在相应的皮疹上。疱疹性咽峡炎不会有口腔之外的任何皮疹，而手足口病可以表现在手心、足心、手背、足背以及肛门周围皮肤上的皮疹，表现为红丘疹或者疱疹，根据病情的轻重，皮疹的多少、范围以及密度可能会有差别。二者在咽峡部都会有相应的皮疹，严重的有可能引起溃疡，吞咽的时候会有疼痛，也可以出现发热，在这方面，二者并没有明显的区别。对于感染的病原体，差别也不是特别大，有些病原体可以引起手足口病，有些也可以引起疱疹性咽峡炎，但有些只能够引起疱疹性咽峡炎。手足口病一般是属于传染病，需要进行隔离，疱疹性咽峡炎，没有纳入到传染病进行管理，这也是二者的一个区别。
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