HPV有多种基因型，不同基因型的HPV感染，可导致不同临床病变，HPV分为低危型和高危型，高危型如HPV16、18、31、33、35、39、45、51、52等，它是与癌及癌前病变相关。
低危型如HPV6、11、42、43、44等，主要与轻度鳞状上皮内病变、泌尿生殖系统疣、复发性呼吸道息肉相关。HPV的型别与子宫颈癌的病理类型相关，子宫颈鳞癌中HPV16感染率约为56%，而子宫颈腺癌中HPV18感染率约为56%，HPV的型别有一定的地域差异性，HPV52、58在中国及东亚妇女中检出率较高。
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