巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。正常情况下子宫内膜生长在子宫腔内，受体内性激素的影响，每月脱落一次形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随着经血逆流经过输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其它部位，形成异位囊肿，异位的子宫内膜也会受性激素的影响，随同月经周期反复脱落、出血。如果病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含有陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性的血呈褐色、黏稠、浆糊状，像巧克力一样，所以叫巧克力囊肿。
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