松果体的功能尚不十分了解，一般认为，人的松果体能合成、分泌多种生物胶和肽类物质，主要是调节神经的分泌和生殖系统的功能。而这种调节具有很强的生物节律性，并与光线的强度有关。松果体细胞交替性的分泌褪黑激素和5-羟色胺，有明显的昼夜节律，白昼分泌5-羟色胺，黑夜分泌褪黑激素。褪黑激素可能抑制促性腺激素及其释放激素的合成与分泌，对生殖有抑制作用。另外，近年来研究发现，松果体细胞还分泌8-精催产素、黄体生成素释放激素和抗促性腺因子等，其意义尚不明确。
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